À medida que os seus peixinhos vão tratando da sua vida, alimentando-se, crescendo e reproduzindo-se, vão provocando alguma sujidade e poluição, que se acumula na água do aquário. Quer sejam restos de comida não consumidos, folhas de plantas que morrem, produtos da digestão ou cadáveres de desafortunados, o lixo vai-se acumular e tem de ser limpo. Há duas operações que, apesar de serem distintas, nada impede que sejam efectuadas em simultâneo. A aspiração de restos do fundo e a mudança da água.

Aspiração de restos – Não é mais do que o retirar de material potencial ou efectivamente poluente do aquário, aspirando-o com um dispositivo apropriado ou usando um tubo de plástico para sifonar a água do fundo. O objectivo aqui é sobretudo prevenir o aparecimento de poluentes na água, embora o efeito inestético de uma nuvem de detritos em suspensão também seja uma boa razão para manter o aquário asseadinho.

Mudança de água – É a substituição de uma fracção da água do aquário por água nova e limpa. Como acontece normalmente evaporar-se alguma água, é recomendável que esta seja reposta, em quantidade igual à retirada mais a que se perdeu por evaporação. A água a repôr deverá ser semelhante à que se colocou originalmente no aquário, por razões óbvias, mas se necessário for proceder a correcções, então estas deverão ser efectuadas da forma mais gradual possível, nunca sendo substituído mais do que 50% do volume de água onde o peixe se encontra pela água de novas características. O objectivo das mudanças de água é impedir a concentração dos produtos nocivos, resultantes do metabolismo dos peixes. A água nova vai diluir estes produtos.

Frequência e quantidade – Estimar a frequência com que a água deve ser mudada é uma das operações mais difíceis da aquariofilia. Alguns amadores, com recursos e inventivos, desenharam sistemas de mudança de água constante, em que um dispositivo vai esvaziando a água do aquário à medida que vai entrando água nova. Como os produtos a eliminar são, em parte, consumidos pelas plantas e em parte transformados em compostos menos perniciosos pelas bactérias, a frequência/intensidade das mudas será tanto maior quanto menor for o número de filtros, plantas, etc. Por regra, uma mudança semanal de 10 a 25% da água dos aquários manterá um ambiente saudável, desde que haja plantas em condições de eliminar parte dos compostos azotados libertados para a água.

Alevins – Este é um caso especial. Os alevins têm um metabolismo rápido e intenso, poluindo rapidamente a água. A agravar tudo isto, os recipientes em que são conservados são de dimensões normalmente reduzidas e sujeitos a atingir níveis de poluição intoleráveis muito rapidamente. São, porém, mais tolerantes às mudanças de água. Por todas estas razões, mudanças de 90% ou mais da água, 2 ou mais vezes por semana, não são descabidas e reflectem-se normalmente num vigor acrescido.